時間外労働・休日労働
使用者は、「臨時の必要がある場合」又は「三六協定の締結・届出をした場合」には、法定労働時間を超えて、又は法定休日に労働（時間外・休日労働）させることができる。
時間外労働・休日労働
労働者が所定労働時間（就業規則等に定める労働時間）を超えて残業したり、所定休日（就業規則等に定める休日）に出勤したとしても、法定労働時間を超えず、また法定休日が確保されている場合には、労働基準法の「時間外・休日労働」ではないので、「三六協定の締結」「割増賃金支払」などの問題は生じない。
例えば、所定労働時間が7時間の場合に残業させても、8時間を超えなければ原則「時間外労働」にはならない。また、変形労働時間制によって当日の所定労働時間が10時間に定められていれば、10時間以内ならば原則「時間外労働」は発生しない。
変形労働時間制を採用している場合の時間外労働
1か月単位の変形労働時間制で、時間外労働時間の算定方法を例示すると、次のようになる。
- 1日については、次の時間が時間外労働時間となる。①所定労働時間が8時間を超える日は、所定労働時間を超えて労働した時間②所定労働時間が8時間以内の日は、8時間を超えて労働した時間
- 1週間については、次の時間から1の時間外労働時間を差し引いた時間が時間外労働時間となる。①所定労働時間が40（44）時間を超える週は、所定労働時間を超えて労働した時間②所定労働時間が40（44）時間以内の週は、40（44）時間を超えて労働した時間
- 変形期間については、変形期間における法定労働時間の総枠（40（44）×変形期間の暦日数／7）を超えて労働した時間から1及び2の時間外労働時間を差し引いた時間が時間外労働時間となる
臨時の必要による時間外労働・休日労働
災害等による臨時の必要がある場合
「災害その他避けることのできない事由によって、臨時の必要がある場合においては、使用者は、行政官庁（所轄労働基準監督署長）の許可を受けて、その必要の限度において法定の労働時間を延長し、又は法定の休日に労働させることができる。ただし、事態急迫のために行政官庁の許可を受ける暇がない場合、事後に遅滞なく届け出なければならない。」
派遣労働者については、許可を受ける（事後の届出をする）義務を負うのは、派遣先の使用者である。
「事後に届出があった場合において、行政官庁がその労働時間の延長又は休日の労働を不適当と認めるときは、その後にその時間に相当する休憩又は休日を与えるべきことを命ずることができる。」
公務のために臨時の必要がある場合
「公務のために臨時の必要がある場合においては、官公署の事業（現業を除く）に従事する国家公務員及び地方公務員については、法定の労働時間を延長し、又は法定の休日に労働させることができる。」
公務のために臨時の必要がある場合の時間外・休日労働については、行政官庁の許可・事後の届出は不要。
三六協定による時間外労働・休日労働（第36条）
「使用者は、労使協定をし、これを行政官庁に届け出た場合においては、法定の労働時間又は法定の休日に関する規定にかかわらず、その協定で定めるところによって労働時間を延長し、又は休日に労働させることができる。」
三六協定は、その締結・届出により、時間外労働又は休日労働をさせても、法32条（法定労働時間）や法35条（法定休日）違反の罰則の適用を受けないとする効力（免罰的効力）を持つ。
派遣労働者の場合、派遣元の使用者が派遣元事業場の労働組合等と三六協定を締結しなければならない。 三六協定を締結しても、届け出ていなければ、効力は発生しない。
三六協定は「労使協定」のため、その事業場の労働者の過半数で組織する労働組合（なければ、労働者の過半数代表者）と「書面」により締結しなければならない。
「過半数代表者」は、事業場に管理監督者しかいない場合を除き、管理監督者以外の者の中から、法に規定する協定等をする者を選出することを明らかにして実施される投票、挙手、労働者の話し合い、持ち回り決議等の民主的方法による手続きにより、選出された者であって、使用者の意向に基づき選出された者でないことが必要。使用者は、過半数代表者が法に規定する協定等に関する事務を円滑に遂行できるよう必要な配慮を行わなければならない。
使用者は、労働者が過半数代表者であること若しくは過半数代表者になろうとしたこと又は過半数代表者として正当な行為をしたことを理由として不利益な取り扱いをしないようにしなければならない。
三六協定には、次のことを定めなければならない。
- 労働時間を延長し、又は休日に労働させることができることとされる労働者の範囲
- 対象期間（労働時間を延長し、又は休日に労働させることができる期間をいい、1年間に限るものとする）
- 労働時間を延長し、又は休日に労働させることができる場合
- 対象期間における1日、1か月及び1年のそれぞれの期間について労働時間を延長して労働させることができる時間又は労働させることができる休日の日数
- 当該労使協定（労働協約による場合を除く）の有効期間の定め
- 4の「1年」の起算日
- 後述する1,2（時間外・休日労働の条件）に定める要件を満たすこと
特別条項を設ける場合には、次の8-11についても定めなければならない。
- 限度時間を超えて労働させることができる場合
- 限度時間を超えて労働させる労働者に対する健康及び福祉を確保するための措置
- 限度時間を超えた労働に係る割増賃金の率
- 限度時間を超えて労働させる場合における手続
**限度時間: **
労働時間を延長して労働させることができる時間は、当該事業場の業務量、時間外労働の動向その他の事情を考慮して通常予見される時間外労働の範囲内において、限度時間を超えない時間に限ることとされる。
限度時間は、1か月について45時間及び1年について360時間（1年単位の変形労働時間制の対象期間として3か月を超える期間を定めて労働させる場合、1か月について42時間及び1年について320時間）とされる。
**特別条項（臨時的な特別な事情がある場合）: **
当該事業場における通常予見することのできない業務量の大幅な増加等に伴い臨時的に限度時間を超えて労働させる必要がある場合、1か月について労働時間を延長して労働させ、及び休日}]において労働させることができる時間（協定した時間を含め{{100時間未満の範囲内に限る）並びに1年について労働時間を延長して労働させることができる時間（協定した時間を含め720時間を超えない範囲内に限る）を定めることができる。
この場合、三六協定に、併せて対象期間において労働時間を延長して労働させる時間が1か月について45時間（1年単位の変形労働時間制の対象期間として3か月を超える期間を定めて労働させる場合、1か月について42時間）を超えることができる月数（1年について6か月以内に限る）を定めなければならない。
**時間外・休日労働の上限、坑内労働等の延長の上限: **
使用者は、三六協定で定めるところによって労働時間を延長して労働させ、又は休日において労働させる場合であっても、次の時間については、それぞれに定めるものとしなければならない。
- 1か月について労働時間を延長して労働させ、及び休日において労働させた時間: 100時間未満であること
- 対象期間の初日から1か月ごとに区分した各期間に当該各期間の直前の1か月、2か月、3か月、4か月及び5か月の期間を加えたそれぞれの期間における労働時間を延長して労働させ、及び休日において労働させた時間の1か月あたりの平均時間: 80時間を超えないこと
坑内労働その他厚生労働省令で定める健康上特に有害な業務について、1日について労働時間を延長して労働させた時間は、2時間を超えないものとしなければならない。
時間外・休日労働の上限、坑内労働の延長の上限の規定に違反した使用者は、6月以下の拘禁刑又は30万円以下の罰金に処せられる。
時間外・休日労働の上限等の適用除外
労働時間の延長及び休日の労働に関する制限は、新技術・新商品等の研究開発業務（新たな技術、商品又は役務の研究開発に係る業務）については適用しない。なお、これらの業務により労働する者の労働時間が一定の時間を超える場合、労働安全衛生法の規定により、面接指導等を行わなければならない。
指針
厚生労働大臣は、労働時間の延長及び休日の労働を適正なものとするため、三六協定で定める労働時間の延長及び休日の労働について留意すべき事項、当該労働時間の延長に係る割増賃金の率その他の必要な事項について、労働者の健康、福祉、時間外労働の動向その他の事情を考慮して指針を定めることができる。
三六協定をする使用者及び労働組合又は労働者の過半数を代表する者は、三六協定で労働時間の延長及び休日の労働を定めるにあたり、その内容が厚生労働大臣の定める指針に適合したものとなるようにしなければならない。
割増賃金
「使用者が、臨時の必要又は三六協定により法定労働時間を延長し、又は法定休日に労働させた場合においては、その時間又はその日の労働については、通常の労働時間又は労働日の賃金の計算額の2割5分以上5割以下の範囲内で、労働者の福祉、時間外又は休日の労働の動向その他の事情を考慮して政令で定める率（具体的には、延長した労働時間の労働については2割5分、休日の労働については3割5分）以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない。」
「使用者が、午後10時から午前5時まで（厚生労働大臣が必要であると認める場合においては、その定める地域又は期間については午後11時から午前6時まで）の間において労働させた場合、その時間の労働については、通常の労働時間の賃金の計算額の2割5分以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない。」
- 時間外労働:
- 時間外: 月60時間以下 → 25%以上
- 時間外: 月60時間超え → 50%以上
- 休日労働 → 35%以上
- 深夜業 → 25%以上
- 時間外労働 + 深夜業:
- 時間外: 月60時間以下 → 50%以上
- 時間外: 月60時間超え → 75%以上
- 休日労働 + 深夜業 → 60%以上
派遣先の使用者に時間外労働を行わせる権限があるかどうかにかかわらず、派遣先の使用者が派遣中の労働者に法定時間外労働をさせた場合は、派遣元の使用者に割増賃金の支払義務が生じる。
時間外労働が継続して翌日の所定労働時間に及んだ場合、たとえ暦日を異にする場合でも一勤務として取り扱い、その勤務は始業時刻の属する日の労働として、当該日の「1日」の労働とされる。したがって、時間外労働の割増賃金は、翌日の所定労働時間の始期までの超過時間に対して支払えば良い。
時間外労働が継続して翌日に及んだ場合で、その翌日が法定休日であるときは、翌日の法定休日の午前0時から休日労働の割増賃金を支払わなければならない。
割増賃金の算定
「通常の労働時間又は労働日の賃金（割増賃金の計算に用いる時間給）」については、原則として、時間給の場合であればその時給の金額、日給制の場合であれば、その日給を1日の所定労働時間数で除した金額、月給制の場合であれば、その月給を月における所定労働時間数（月によって所定労働時間数が異なる場合には、1年間における平均所定労働時間数）で除した金額になる。
出来高払制などの請負制の場合は、その賃金算定期間の賃金の総額をその賃金算定期間における総労働時間数で除した金額になる。
このようにして求めた金額（時間給）が1,000円であって、例えば時間外労働が1時間であった場合、その時間外労働について1,000円×25%=250円を加給した額（一般的には、通常の賃金と併せて1,250円）以上を支払わなければならない。
除外賃金
次の賃金は、割増賃金の基礎となる賃金に参入しなくて良い。
- 家族手当（ただし、家族数に関係なく一律に支給されるものは参入しなければならない）
- 通勤手当（ただし、通勤手当のうち一定額が最低額として距離にかかわらず支給される場合の当該一定額は算入しなければならない）
- 別居手当
- 子女教育手当
- 住宅手当（ただし、住宅に要する費用にかかわらず一律に定額で支給されるものや住宅に要する費用以外の費用に応じて算定されるものは参入しなければならない）
- 臨時に支払われた賃金
- 1か月を超える期間ごとに支払われる賃金
危険な作業に従事する場合に支給される、いわゆる危険作業手当は、その危険な作業が時間外、休日又は深夜に行われるときは、割増賃金の基礎となる賃金に算入しなければならない。
代替休暇
使用者が、労使協定により、「延長して労働させた時間が1か月について60時間を超えたために、その超えた時間の労働について、通常の労働時間の賃金の計算額の5割以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない労働者に対して、当該割増賃金の支払に代えて、通常の労働時間の賃金が支払われる休暇（年次有給休暇を除くものとし、以下「代替休暇」という）を定めた場合において、当該労働者が代替休暇を取得したときは、当該60時間を超えた時間のうち、当該取得した代替休暇に対応する時間の労働については、当該割増賃金を支払うことを要しない。
労使協定事項は次のとおり。行政官庁に届け出る必要がない。
- 代替休暇として与えることができる時間の時間数の算定方法 - 当該算定方法は、労働者に1か月について60時間を超えて延長して労働させた時間の時間数に、換算率（労働者が代替休暇を取得しなかった場合に支払うこととされている割増賃金率と、労働者が代替休暇を取得した場合に支払うこととされている割増賃金率との差に相当する率）を乗じるものとしなければならない。
- 代替休暇の単位 - 当該単位は、1日又は半日（代替休暇以外の通常の労働時間の賃金が支払われる休暇と合わせて与えることができる旨を定めた場合、当該休暇と合わせた1日又は半日を含む）としなければならない。
- 代替休暇を与えることができる期間 - 当該期間は、時間外労働が1か月について60時間を超えた当該1か月の末日の翌日から2か月以内としなければならない。